Altertum
Es wird vermutet, dass auf dem Areal der heutigen Burg bereits während der Römerzeit ein Wachturm als Bestandteil des Donaulimes stand, dessen Überreste möglicherweise beim Bau der Burg Verwendung fanden.
Bei archäologischen Grabungen während der NS-Zeit wurden aus der Bausubstanz der Ruine Funde von römischen Grabsteinen geborgen.
In unmittelbarer Entfernung zur Burg dürfte sich der Hafen der Donauflotte des Legionslagers Lauriacum befunden haben. Der nahe historische Donauübergang gegenüber der Enns-Mündung und das Zusammentreffen der Nordgrenze des Römischen Reiches mit der Ostgrenze des Karolingerreiches unterstreichen die einst hohe strategische Bedeutung des Standortes.
Mittelalter
Die Burg wurde in der 1. Hälfte des 12. Jahrhundert vermutlich durch die Herren von Perg und Machland erbaut.
Vom Bau bis in die Gegenwart gab es zahlreiche Ereignisse und wechselnde Besitzverhältnisse.
1148 nach dem Tod Otto’s von Machland Übergang an Otto den III von Lengenbach (ab 1188 Domvogt des Hochstiftes Regensburg im Herzogtum Österreich)
1150 Urkundliche Erwähnung von Hardwigus de Spilberch (Bruder des Otto von Machland)
1159 Lehen des Hochstiftes Passau
Erwähnung in den landesfürstlichen Urbaren der Otakare (1197 – 1230)
1230 Otto der V von Lengenbach (Domvogt von Regensburg)
1236 Friedrich der II von Babenberg, der Streitbare
1259 Dietrich von Spilberg
1273 – 1291 Verkauf der Burg und der Stadt Enns von Eberhard von Spilberg an König Rudolf I von Habsburg
In weiterer Folge häufig wechselnde Vergabe als landesfürstliches Lehen oder als Pfandherrschaft
1314 – 1324 Burggraf Hagen
1329 als Leibgedinge an Eberhard von Wallsee und wieder als Pfandherrschaft an die Burggrafen Hagen
1353 verpfändet von Herzog Albrecht der II an Ernst Hagen
1365 Übertrag der Burggrafschaft gegen Verzicht alter Rechte an der Stadt Enns von Herzog Rudolf IV, dem Stifter an das Kloster St. Florian. Bestätigung der Rechte auch durch Herzog Albrecht III und Herzog Leopold III.
1390 einige Jahre als Pfand vom Kloster St. Florian an Hans von Liechtenstein
1397 verlieh Herzog Albrecht IV Spilberg zur Hälfte als Leibgedinge an seinen Hauptmann von Enns, Reinprecht von Wallsee.
1400 wieder Pfandherrschaft
1455 von König Ladislaus Postumus an die Ruckendorfer belehnt
1475 Oswald Schirmer
1484 von Kaiser Friedrich III an den Landeshauptmann von Österreich ob der Enns, Bernhard von Scherffenberg als Dank für seine Verdienste im Kampf gegen König Mathias Corvinus von Ungarn als freies Eigentum belehnt.
Neuzeit
Ausbau und Umbau in eine moderne Festung durch die Scherffenberger
1594 Fluchtort und eine der Hauptverteidigungsburgen in Kriegszeiten
1597 durch Kauf um das Amt Lorch erweitert
1600 Spilberger Bannteiding welches 1650 erweitert wurde
1619 Einrichtung einer Maut an der Donau
1626 Bauernkriege - ein Bauernheer von 700 Mann erzwingt die Herausgabe von Waffen und Verpflegung
17. Jahrhundert wichtiger militärischer Stützpunkt im Krieg gegen die Schweden und Bayern
1671 Kauf der Burg durch David Ungnad von Weissenwolff
1692 erhebliche Streitigkeiten der Landgerichte wegen der Hinrichtung eines Langensteiner Untertanen mit Feuer und Schwert durch Helmhart Christoph von Weissenwolff
18. Jahrhundert Aufgabe der Burg. Beginn des Verfalls.
1936 6. September Schauplatz eines illegalen von den Nationalsozialisten organisierten Ritterfestes mit Riedmarkfeier
1941 – 1942 umfangreiche archäologische Grabungen durch Häftlinge des Konzentrationslagers Gusen I
1952 Vererbung der Ruine Spilberg von Henriette von Thurn und Taxis (aus dem Haus Weissenwolff) an Maria Immaculata Mensdorf-Pouilly (aus der Familie Thurn und Taxis).
1980 im Besitz deren Tochter Marie Antoinette Krassay -
seit 1980 ist die Ruine Spilberg im Besitz der Familie Krassay
1997 Herauslösung der Ruine Spilberg und ihr nördliches Umland aus der Stadtgemeinde Enns und Eingliederung in das Gemeindegebiet von Langenstein.
2013 März - Gründung des Erhaltungsvereines „Freunde der Burgruine Spilberg“.
2013 April - Überlassungsvertrag zwischen Mag. Andreas Krassay und dem Verein „Freunde der Burgruine Spilberg“ für 10 Jahre mit der Option auf Verlängerung.